﨑津資料館みなと屋は、昭和１１年に建てられた旅館「みなと屋」の建物を改修して平成２８年８月１日にオープンしました。
世界文化遺産「天草の﨑津集落」の歴史と文化、禁教期の漁村特有のキリスト教信仰を紹介する施設です。また「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」の情報発信拠点となるサテライト施設の役割も担っています。間取りは当時のままで低めの天井や建具、床の間など建築当時の面影を感じることができます。
１階は、禁教時代から昭和初期の﨑津に関する歴史を紹介しています。潜伏キリシタンを支えた信心具などを展示しており、アワビの貝殻など漁村特有のものを見ることができます。また、ジオラマや写真などで昭和初期の﨑津集落の様子を伝えています。
２階は、「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」、構成資産「天草の﨑津集落」を紹介する映像や、﨑津に隣接する今富集落に関する展示を見ることができます。今富は﨑津と深く関わりがあり、キリシタン信仰に関わる史跡が多く残されています。